Es una de las escuelas más antiguas de Valparaíso, ha tenido tres denominaciones desde su fundación el 21 de junio de 1870: Escuela del Apostolado (1870 - 1912); Escuela Pedro de Valdivia (1913 - 1982) y la actual, Escuela San Ignacio de Loyola, desde 1982.

El cambio de nombre de la escuela, a partir de 1982, no es sólo un capricho de quienes gestionaron esta tarea. Es producto de los tiempos que se viven. Se busca hacer presente, incluso en el nombre, una espiritualidad. Además, es el inicio de una serie de cambios e innovaciones que se traducen en una nueva propuesta, pedagógica impulsando la Educación Personalizada y múltiples opciones para el desarrollo de los niños.

Estos últimos años ponen a la escuela ante nuevos desafíos. Adherida a Fe y Alegría Chile,  red de establecimientos educacionales de inspiración ignaciana en América Latina, la Escuela San Ignacio de Loyola busca en el ámbito de la Educación Popular, el aporte necesario para ofrecer a las familias que optan por ella, cada vez un servicio de mayor calidad.